當前位置:首頁 > 技術交流 > 最新應用

技術交流

掃描二維碼
或添加“GeneGroup003
獲取更多最新資訊

商城訂購

掃描二維碼
或添加“生物通ebiobuy
手機下單,快人一步

高手!無法想象單細胞蛋白質組學?Covaris AFA幫您實現。

版權所有,轉載請聯系基因市場部
2019-06-25

 

哈佛大學Budnik Bogdan、波士頓東北大學Nikolai Slavov等人在Genome Biology上發表文章通過質譜(scope-ms)開發了單細胞蛋白質組學(single cell proteomics),并驗證了其基于蛋白質組識別不同人類癌癥細胞類型的能力。該團隊使用質譜來量化小鼠胚胎干細胞分化過程中1000多種蛋白質。文中提到單細胞蛋白質組幫助科學家能夠解構細胞群并推斷蛋白質豐度關系。單細胞蛋白組和轉錄組的比較表明,許多基因在mRNA和蛋白質水平上表現出功能上協調一致而調控模式獨特的特點。

單細胞蛋白質組學研究的巨大挑戰

文中提及作者面對的一大挑戰就是“delivering the proteome of a mammalian cell to a MS instrument with minimal protein losses ”即"以最小的蛋白質損失將哺乳動物細胞的蛋白質組輸送到MS儀器”。為了克服這一困難,作者在顯微鏡下獲得了單個細胞,通過Covaris 聚焦超聲樣本處理系統分別裂解8個單細胞提取蛋白質,胰酶酶解所得的肽段分別用TMT標記,之后與另外200個細胞的蛋白提取物混合使用LC-MS/MS(Orbitap Elite)進行分析。(圖1)

1 Scope-MS的概念圖和工作流程。單獨挑選的活細胞通過covaris超聲裂解,裂解物中的蛋白質用胰蛋白酶酶解,所得肽用TMT標記,用LC-MS/MSOrbitrap Elite)組合和分析。

選擇AFA技術有兩種原因:

一是避免發生蛋白質降解或修飾,AFA技術可以在處理樣本過程中保持持續低溫的狀態。

二是大多數LC-MS/MS的protocol都是用去污劑或尿素裂解細胞,由于上質譜不允許存在這些化學物質,所以必須進行脫鹽處理。脫鹽過程可能導致蛋白質的大量損失,使用Covaris 聚焦超聲樣本處理系統在同一管中進行蛋白質還原、烷基化和酶解的標準步驟時,能夠在不含變性劑(如尿素、胍氯)或去污劑的情況下進行細胞裂解。避免樣品稀釋和脫鹽,從而顯著提高樣品回收率。

Covaris 聚焦聲波(AFA)技術

Covaris AFA聚焦超聲的高頻、短波、聚焦的特質(圖2),可以將組織、細胞等勻漿破碎成納米級別,從而使各種目標分子得以充分釋放。傳統方法裂解細胞不徹底,生物大分子形成的高級復合結構(如核糖體、染色質)沒有被徹底分離,在后續實驗中,會使核酸蛋白產量降低,并破壞生物信息的完整性。Covaris AFA技術可以充分破碎細胞及亞細胞結構、生物大分子復合體,最大量充分有效的釋放目的分子,提高得率,并保證生物大分子完整性。



那么該如何確定只選取了單細胞呢?

為了獲得單細胞,Budnik Bogdan 等先將分化的ES細胞、Jurkat細胞或U-937細胞制成細胞懸液,使用4℃的PBS稀釋后估計每個樣品的細胞密度,再將2ul 細胞稀釋液混合于200μl的PBS中進一步稀釋,為了確保只取到一個細胞,作者在顯微鏡下使用微量吸管在細胞稀釋液中吸取一個細胞,再將細胞吐到另一個200ul PBS溶液中進行檢查,確認是一個細胞之后,再使用微量細管把細胞吸出來加入到預先冷卻的Covaris microTUBE-15中。在對細胞進行裂解和標記前,根據情況可以先將細胞冷凍。

這種手動的單細胞獲取方法費時費力,MMI 單細胞分選技術可以全自動的挑取單細胞,通過實時錄像記錄挑取過程,準確、方便、快捷。

敲黑板—MMI單細胞分選技術

提及到單細胞獲取,不得不敲黑板推薦MMI單細胞分選技術,功能強大,不用手動挑!不用手動挑!不用手動挑!

獲取單細胞確保了實驗數據的客觀性和可靠性,單細胞分選技術可以幫助研究者分離出真正感興趣的單細胞,比如,分離出循環腫瘤細胞(CTC)獲得的研究結果更有意義。

眾多科學家贊同的方法

基因有限公司作為Covaris公司中國區獨家代理商,為您提供最完整組學研究樣本處理的解決方案,也可為您提供DNA 片段化、ChIP實驗、FFPE樣本核酸提取解決方案等。基因有限公司的宗旨是“專才為專家服務”,有專業團隊為各大科研機構提供安裝培訓,技術支持,應用培訓與售后維護一條龍服務,贏得客戶的一致好評與信任。想要了解更多,請關注我們的官方微信“基因快訊”或聯系您身邊的基因有限公司員工。

原文以SCoPE-MS: mass spectrometry of single mammalian cells quantifies proteome heterogeneity during cell 為標題發布在Genome Biology (2018) 19:161

鏈接:https://doi.org/10.1186/s13059-018-1547-5


歡迎關注“基因快訊”官方微信

滬公網安備 31010402003540號 滬ICP備13000399號-1

欧美色图第1页_AV天堂网